通常，生殖医师及胚胎学家会根据患者的具体病情及胚胎质量建议最好的移植时间，但选择移植卵裂期胚胎还是囊胚需要综合考虑。人类胚胎在输卵管内受精后直到排卵后第5天才进入子宫腔（相当于囊胚阶段）。理论上，囊胚移植时胚胎和子宫内膜会更加同步而获得较高的种植率。但并不是所有的胚胎体外培养都能够形成囊胚，目前多数生殖中心的数据都显示平均的囊胚形成率约为60%，优质胚胎的囊胚形成率高于非优质胚胎。但对于某些胚胎，体内的环境可能更有利于其发育生长，进而着床并继续妊娠。有研究表明，移植很可能不能形成囊胚的质量较差的卵裂期胚胎也有受孕的可能，只是概率较低。当没有质量好的胚胎时，不移植胚胎就没妊娠机会，而移植质量较差的卵裂期胚胎还有妊娠的可能。遗憾的是，我们没有办法拿同一个胚胎进行不同阶段的胚胎移植研究来回答这个问题。
通常情况下，对于首次移植，多数生殖中心都会优先选择移植第3天的卵裂期胚胎，这样能最大限度地保障患者有机会行胚胎移植。因存在囊胚培养失败的可能性，一般会选择年龄相对年轻、卵巢储备好、获卵数理想、卵裂期胚胎数较多及质量较好的女性行囊胚培养，这些预后较好的女性可以选择单囊胚移植以获得单胎妊娠。而对于恐惧宫外孕或反复移植失败的患者，亦可行囊胚培养后再移植，以降低宫外孕或因胚胎质量导致移植失败的可能性。对于高龄女性是否行囊胚移植存在的争议较多。因为高龄女性的胚胎数目有限，胚胎染色体异常率较高，囊胚形成率较低。但另一方面可以理解为若能获得一个优质囊胚，高龄女性获得妊娠的概率将增加且流产率下降，获得活产时间将缩短，而且可以降低流产对子宫内膜损伤的风险。故对于高龄女性，多会在既往卵裂期胚胎移植失败或胚胎质量差的情况下推荐行囊胚培养后移植，也有些生殖中心推荐高龄女性首选囊胚移植。
实际上，一些临界质量（4～5细胞）的胚胎能够发育成漂亮的囊胚而使患者获得妊娠并分娩。而一些高质量（8细胞）的胚胎也可能在第3天后停止分裂导致取消移植。有一些患者移植第3天高质量的胚胎未妊娠，之后移植第5天的胚胎成功妊娠。因此，如何选择移植方案，需要医师和患者充分沟通后再做决定。随着“选择性单胚胎移植”理念的加强，越来越多的生殖中心会鼓励患者将剩余的胚胎行囊胚培养后冷冻，以求后续冷冻胚胎移植周期中在保证妊娠率的情况下获得单胎妊娠。此外，随着胚胎冷冻复苏技术的发展，冷冻的卵裂期胚胎复苏后行囊胚培养的高成功率，也让囊胚移植成为冷冻胚胎移植周期的另一种选择。
但应注意，有研究显示囊胚移植可能会增加同卵双胎的风险。同卵双胎通常共用一个胎盘（单绒毛膜双胎），或是在同一个羊膜囊内（单羊膜囊双胎）。这2种双胎的妊娠并发症明显增加。因此，不能一味地追求高成功率去移植囊胚，这可能需要浪费一些不能在体外形成囊胚的胚胎，也可能出现并发症高的“单卵双胎”。
