子宫解剖异常导致的复发性流产占12%～15%。子宫先天畸形包括子宫纵隔、单角子宫、双角子宫及双子宫等，这些都容易导致流产。黏膜下肌瘤、靠近子宫腔内膜的肌壁间肌瘤、子宫内膜息肉也是流产的原因。因子宫腔操作导致的严重子宫腔粘连不利于胚胎着床，也有可能导致流产。这些因素导致的流产大多数为中晚期流产或早产，流产时胚胎组织比较新鲜。
对于存在子宫纵隔的女性，当患有不孕症却未发现其他明确原因时或存在复发性流产时应考虑手术治疗。而一般情况下，单角子宫、双角子宫及双子宫的子宫腔大致正常，并不需要行手术矫正也可以获得妊娠并分娩，但晚期流产及早产的发生率会增加，也可以同时联合子宫颈环扎术等治疗安胎。
子宫肌瘤并不一定都引起流产，主要受肌瘤大小和位置的共同影响。肌瘤较大也有可能正常妊娠和分娩，肌瘤很小也有可能引起不孕症或流产。一般认为，必须处理的肌瘤是黏膜下肌瘤，最不需要处理的是阔韧带肌瘤和浆膜下肌瘤，而只有当肌壁间肌瘤大（直径≥4 cm）到影响子宫腔形态或未发现其他明确原因的不孕症或复发性流产时才考虑手术治疗。肌瘤导致流产的机制包括：①肌瘤使子宫腔变形，刺激子宫肌层收缩；②黏膜下肌瘤有出血、糜烂甚至坏死，可引起月经过多，影响胚胎着床。
相比于流产，子宫内膜息肉与不孕症的相关性更高，目前当不孕症女性检查发现子宫内膜息肉时，特别是当息肉较大（直径＞1 cm）时，建议手术治疗。
