HPV疫苗在一般人群中的安全性已得到充分确认。接种后可能出现的不良反应包括疼痛、肌肉紧张、局部水肿、包块、局部皮肤发红、头痛、发热、恶心、头晕、呕吐等。截至目前，尚未发现使用HPV疫苗可导致严重并发症，且不良反应也不常见。
